土地売却時に発生する譲渡所得税・住民税・印紙税・登録免許税をわかりやすく解説！

土地の売却では高額なお金が動きます。

ただ、利益を得られるだけではなく売却と同時に税金がかかります。

土地売却でかかる税金は、消費税のようなシンプルなものではなく、知識がないと理解しづらいので把握しにくいのが難点です。

売却で利益が出ると譲渡所得税・住民税がかかります。

それ以外にも売却手続きに印紙税・登録免許税がかかります。

まずは税金の基礎知識を理解しておきましょう。

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土地売却で利益が出るとかかる2つの税金

土地を売却で利益が出ると2つの税金がかかります。

• ● 譲渡所得税：土地売却によって得た利益を確定申告するとき
• ● 住民税：確定申告をすると市区町村が計算をして自動的に課税

当然ですが、これらの税金は必ず支払わなくてはいけません。

そのため、売却計画にしっかり組み込んでおく必要があります。

売却金額がまるまる手元に残るわけではないので、何らかの資金調達のために土地売却をするのであれば税金のことを理解しておきましょう。

譲渡所得税と住民税の詳細を解説いたします。

1. 譲渡所得税について

譲渡所得税は、名前の通り譲渡所得に対してかかる税金です。

たとえば、サラリーマンであれば給与所得、自営業者であれば事業所得、賃貸アパートや賃貸マンションを運営していれば家賃収入が不動産所得となり、それぞれの所得に対して所得税が課せられます。

これと同じで、土地を売ったときに得られる売却益が譲渡所得となるため、譲渡所得税が課せられます。

ただし、譲渡所得と売却金額はイコールではありません。

譲渡所得税は、土地を売却することで得た利益に対してかかるもので、売却金額が土地取得金額よりも低ければ利益が出ないため課税対象ではありません。

譲渡所得の計算式は以下の通りです。

「譲渡所得＝収入金額（土地の売却金額）－取得費（土地を買ったときの価格）－譲渡費用（売ったときの費用）」

売却金額2,000万円で土地の購入金額3,000万円だった場合、譲渡所得はマイナス1,000万円となるので譲渡所得税はかかりません。

譲渡所得税は所有年数で税率が変わる

不動産売却で得られる売却益は譲渡所得として確定申告しますが、総合課税となる給与所得や事業所得などと異なり分離課税となります。

そのため、一般的な所得とは切り離して計算されます。

譲渡所得税は、売却した年の1月1日時点にその土地を何年所有しているかで税率が変わります。

このように、譲渡所得税は所有期間によって金額が大きく変わります。

5年というターニングポイントを理解しておくと、「あと少し待てば長期譲渡所得となり低い税率で済む」と土地売却に適したタイミングがわかります。

土地の所有期間は1月1日で決まる

前述したように、譲渡所得税は所有期間によって10％以上変わります。

所有期間は、土地を購入した日から売却が成立した日まで計算するのではなく、売却した年の1月1日までの年数で数えます。

たとえば平成25年の4月1日に購入した土地を5年後の平成30年4月1日に売却した場合、所有期間は売却した年の1月1日でカウントされるため、所有期間は5年未満となります。

譲渡所得税は短期譲渡所得か長期譲渡所得かで税負担がかなり違ってきますから、きちんと計算をして損のないようにしましょう。

2. 住民税について

土地の売却で利益を得た場合、譲渡所得税と同時に課税されるのが住民税です。

住民税も、譲渡所得税と同じく所有期間によって税率が変わります。

短期譲渡所得と長期譲渡所得では、4％の差が出ることになります。

数字だけでみればたいした違いではないものの土地の売却益は金額が大きいため、たとえ4％であっても納税額はかなり変わってきます。

きちんと住民税のことも考慮して売却のタイミングを考えましょう。

確定申告は売却した翌年に行う

土地の売却で利益が出た場合は、売却をした翌年に確定申告をします。

確定申告は2月の中旬～3月の中旬までに行い、申告後に譲渡所得税を一括で納付、もしくは振替納税で支払います。

住民税は、5月までに納税通知書が送付されるので、期日までに支払いをしましょう。

復興特別所得税は、6月中旬に税務署から納税通知書が送られてくるので、第1期分と第2期分を分けて支払うか、2期分を一括で支払いをします。

いずれの税金も売却後に支払いが生じるので、売却益が出た場合には税金分をしっかりとっておきましょう。

土地売却の手続きで必要な2つの税金

土地の売買契約が成立して売却益があった場合は、譲渡所得税や住民税などの税金の支払いが生じます。

ただ、利益が出ない場合でも土地の売却手続きの際に印紙税、登録免許税という税金がかかります。

1. 印紙税について

土地の売買契約書を作成したときに必要となるのが印紙税です。

印紙税は、売却金額で決まる税額分の収入印紙を購入し、契約書に貼り付ければ納税となります。

しかし、土地の売買契約では売主分と買主分の契約書が必要になるため、2通分の印紙税を支払わなくてはいけません。

印紙税にかかる費用

2. 登録免許税について

もし売却する土地に抵当権がついているようであれば、抵当権を抹消しなくてはいけません。

そのために必要となるのが登録免許税で、売買契約後に引き渡しを行うまでの間にローンを完済して抵当権抹消の手続きをしてください。

登録免許税は登記を変更するときにも必要になり、1つの土地に対して1,000円かかります。

土地売却でかかる税金を節約するには

税金は絶対に支払わなくてはいけないものですが、特別控除や特例の対象であれば節約可能です。

譲渡所得税の5つの控除をご紹介いたします。

1. 公共事業目的の売却なら5,000万円まで特別控除

土地を公共事業目的で売った場合は、5,000万円までの特別控除を受けられます。

この控除を受けるには、以下のすべての条件に当てはまっていなくてはいけません。

[注1]国税庁：No.3552

• ● 買い取りの申し出から6ヵ月以内に売買契約が成立していること
• ● 公共事業の施工者から最初に買い取りの申し出を受けた人が譲渡すること
• ● 固定資産の土地であること
• ● 公共事業のために売った資産の収用のために代替え資産を取得した際にほかの課税特例を受けていないこと

これらの条件を満たしていれば、最高で5,000万円までの特別控除を受けられます。

この特別控除の対象になる売買契約を結んだ場合は、「公共事業の施工者から受けた公共事業用資産の買い取り等の申出証明書」「買い取り等の証明書」などの書類を確定申告書に添付しなくてはいけません。

2. 平成21年（平成22年）に取得した土地を平成27年（平成28年）以降に売却する場合

平成21年（平成22年）に取得した土地を平成27年（平成28年）以降に売却すれば長期譲渡所得になるため譲渡所得税や住民税の税率が下がりますが、現在は1,000万円の特別控除の特例も受けられます。

[注2]国税庁：No.3225

これは、平成20年のリーマンショックによる不動産価格の暴落に対する減税政策で、譲渡所得の内訳書と登記簿事項証明書や土地取得時の売買契約書などの写しを確定申告書に添付しなくてはいけません。

書類の準備が大変かもしれませんが、大きな節税になるので、要件に当てはまっている場合は必ず申告しましょう。

3. 特定土地区画整理事業目的なら2,000万円まで特別控除

国や地方自治体では土地区画整理事業を行っていますが、この事業目的のために土地を売った場合は2,000万円の特別控除の特例を受けられます。

特定土地区画整理事業は、第一種市街地再開発事業や防災街区整備事業・住宅街区整理事業などがあり、いずれかの事業に当てはまった譲渡であれば特別控除の対象となります。

ただし、長期譲渡所得で受けられる1,000万円特別控除が適用されている場合はこちらの特別控除は受けられません。

4. 特定住宅造成事業目的なら1,500万円まで特別控除

特定の住宅建設または宅地造成事業のため、住宅地区改良法の改良住宅建設のためなど特定住宅造成事業目的のために土地を譲渡した場合は1,500万円の特別控除が受けられます。

具体的には、以下の要件に当てはまっている土地の売買が対象です。

• ● 特定の民間宅地造成事業もしくは住宅建設事業に土地を売る
• ● 地方公共団体などが行う住宅建設もしくは宅地造成のために土地を売る
• ● 収用などの対償地に充てる目的で土地を売る
• ● 公有地の拡大推進に関する法律の規定によって土地を売る

ただし、良住宅地の造成や買い換えまたは交換などで減税を受けている場合はこの特別控除の対象外になるので、あらかじめ確認しておきましょう。

5. 農地保有・合理化の目的であれば800万円分が特別控除

所有している土地が農地の場合、認定農業者に土地を譲渡すれば800万円の特別控除が受けられます。

また、農業経営基盤強化促進法の規定に則り、買い入れ協議で農地を譲渡した場合は1,500万円の控除が受けられます。

[注3]農林水産省：農地の売買・貸借・相続に関する制度について

土地売却にかかる税金対策は専門家に相談しましょう

土地売却にかかる税金に関しては、インターネットを駆使すれば調べることはできるものの、実際に自分が売却した場合にいくらかかるのかを把握するのはかなり難しいシステムになっています。

不動産売却の専門家であれば、複雑で分かりにくい土地売却の税金に関して詳しく教えてもらえ、自分に当てはまる控除についての情報も得られて無駄な税金を払わずに済みます。

土地売却の第一歩は信頼できる不動産会社を探すことから始めましょう。

こちらの記事の監修者

torio real estate店長

宿南 秀文

• 平成18年度三井のリハウス（現在の三井不動産リアルティ株式会社）を経て、平成20年株式会社torioに入社。
• torio創業初期から数多く顧客様との商談・交渉・マーケティングリサーチを行ってきた経験を活かし、お客様の保有数不動産価値の創造に努めます。